据苹果日报报道，事缘今年一月，锺南山将广东正在爆发一场不知名疫症一事，上报中央及卫生部；三月，他又公开否定非典型肺炎乃衣原体病毒引起这个官方的权威说法；到北京参加全国政协会议，当时广东省当局仍禁止讨论疫情，他却在会上公开呼吁制订紧急机制应付重大突发疫症，以及邀请外国专家协助。这些言论，事前都没跟省领导打招呼。

当时，广东当局正想方设法隐瞒疫情，锺南山的做法显然令他们陷入被动，疫情还未受控的秘密更可能因而曝光。「可恶」的是，广州《南方都市报》也不理宣传纪律，把锺南山的「大胆言论」报道出来。江泽民安插在广东的亲信，省委书记张德江恼羞成怒，《南方都市报》受到整肃，同系的《南方周末》和《二十一世纪环球报导》均受牵连。后者更被「算总帐」，连同以前的「错误」而被勒令停刊。当然，锺南山更不会轻易被放过。

消息人士指出，就在锺南山三月底、四月初将要被整肃的时候，胡锦涛出手相救，将锺南山接到北京。虽然这个说法过于戏剧性，但锺南山得以脱离厄运，的确跟中央对待疫症的态度大逆转有莫大关系。当时，胡锦涛和温家宝意识到疫情严重性，正酝酿改变过去隐瞒疫情的做法。到四月底，总理温家宝到曼谷出席东盟的非典特别 会时，还专程带同锺南山与会，而锺在泰国的公开活动中，总坐在副总理吴仪身边。

锺南山，一个奉献于胸肺传染病的专家，一个以无比勇气治疗神秘致命传染病的科学家，在二十一世纪的今天，却因为讲真话而险遭打击报复，实在让人痛心！据悉，江泽民在广东的嫡系人马对锺南山耿耿于怀，至今仍未有省内传媒敢对其表示青睐，即使迫不得已出现零星赞扬他的文章，亦多是转自中央媒体。